Introdução à Programação para Bioinformática com Python

• Boas-vindas

• Apresentação

• Por que programar para a Bioinformática?

• O que é Bioinformática

• O que são programas de computadores?

• Introdução à computação

• Conceitos básicos de computação

• Questionário 1: introdução à computação

• Introdução ao Python

• Instalando Python no Windows

• Resolvendo problemas na instalação do Python

• Google Colab (ambiente para desenvolvimento alternativo)

• Comentários

• Meu primeiro programa

• Variáveis e tipos de dados

• Operadores

• Soma simples

• Operadores relacionais

• O que são estruturas condicionais?

• Comandos condicionais

• Comando else

• Comando elif

• O que são estruturas de repetição?

• Laços de repetição

• Comando for

• Comando for e range

• Questionário 2: Python básico

• Comando input

• Aviso - Lista de exercícios

• Lista de exercícios 1

• Idade

• Atenção: diferenças de versão (Python 2 x Python 3)

• Exercício 1.1: Verificando a idade

• Média

• Exercício 1.2: Cálculo de média

• Exercício 1.3: Equação de segundo grau

• Exercício 1.4: Ordenação de listas

• Exercício 1.5: Construindo uma calculadora

• O que são listas?

• Listas parte 1

• Listas parte 2

• Dicionários

• Strings parte 1

• Funções

• Manipulando arquivos

• Expressões regulares

• Introdução à orientação a objetos

• Tratamento de exceções

• Números aleatórios

• Modularização

• Questionário 3: Python intermediário

• Aviso - Lista de exercícios

• Lista de exercícios 2

• Exercício 2.1: Comparação de sequências

• Exercício 2.2: Lendo arquivos

• Exercício 2.3: Salvando sequências no formato FASTA

• Exercício 2.4: Funções

• Exercício 2.5: Salvando arquivos FASTA em dicionários

• Introdução

• List comprehension

• Enumerate

• Filter

• Reduce

• Map

• Lambda

• zip

• Python avançado

• O que é Biopython?

• Instalando Biopython

• Declarando sequências com Biopython

• Complementar e reverso complementar

• Transcrição

• Transcrição com Biopython

• Tradução

• Tradução com Biopython

• Analisando arquivos FASTA

• Estruturas de proteínas com Biopython

• Questionário 4: Biopython

• Visualização de dados

• Estudo de caso: comparando sequências de RNA ribossomal entre humanos e bactéria

• Descrição do estudo de caso

• Criando o script

• Contando dinucleotídeos

• Gerando a visualização

• Bio-Linux

• Bancos de dados biológicos

• O que são pipelines?

• Pipelines: executando programas externos usando Python

• Modelagem de proteínas por homologia

• Instalando MODELLER no Linux

• Registrando o MODELLER

• Alinhamento de sequências

• Programação dinâmica aplicada a alinhamentos de sequências

• Prática - Alinhamento de sequências

• Prática - BLAST por linha de comando

• Prática - Alinhamentos múltiplos com Clustal W

• Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 1: definindo template

• Material - Aula de modelagem de proteínas

• Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 2: alinhamento

• Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 3: corrigindo alinhamento

• Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 3: usando MODELLER

• Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 4: validando modelos

• Questionário 5: Pipelines para Bioinformática

• Aviso - Lista de exercícios

• Lista de exercícios 3

• Exercício 3.1: Definindo o template (parte 1)

• Exercício 3.1: Definindo o template (parte 2)

• Exercício 3.1: Definindo o template (parte 3)

• Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 1)

• Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 2)

• Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 3)

• Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 4)

• Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 5)

• Exercício 3.3: Modelagem por homologia

• Exercício 3.4: Definindo o melhor modelo

• Exercício 3.5: Criando um pipeline automático para modelagem de proteínas

• Encerramento